Sau khi giải cứu cho Nữ Thần Bốn Mùa - Din, Link cùng Impa đến Labrynna nhằm tìm kiếm Nữ Thần Thời Gian - Nayru và đưa về Hyrule theo lệnh của công chúa Zelda. Nhưng Nayru lại bị mụ phù thủy Veran nhập hồn và quay về quá khứ nhằm làm đảo lộn mọi thứ. Link lại bắt đầu một chuyến du hành mới để giải cứu cho Nữ Thần Thời Gian và giúp thế giới quay lại như cũ.