Clockwork Planet kể về một Naoto Miura, một tên cuồng máy móc chính hiệu. Lúc nào cậu cũng mày mò máy móc và cơ khí. Không một ai biết rằng cậu có thể nghe và hiểu rõ máy móc như chính bản thân mình. Một ngày nọ, một Clockwork Maiden – RyuZU – rơi xuống nhà cậu đánh dấu một sự chuyển biến đầy kịch tính…